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高通量測序
核糖體-新生肽鏈復合物測序(RNC-seq)
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-09-27 | 612 次瀏覽 | 分享到:

核糖體-新生肽鏈復合物測序(Ribosome Nascent-chain Complex sequencingRNC-seq)是指對與核糖體結合的正在翻譯的全長RNA進行測序,是除了ribo-seq外另一種常用的翻譯組學研究技術。

RNC-seq可以進一步深化轉錄組研究,直接在翻譯水平對應生物表型,可知哪些基因正在翻譯,以及翻譯起始效率;可通過翻譯機制研究彌補轉錄組測序差異表達基因過多或過少的問題;同時也可以分析來源于circRNAlncRNAORF,預測可能翻譯的circRNA,且較之 Ribo-seq 捕獲的短片段具有更高的靈敏度,能更容易獲得 circRNA 的信號

技術路線

DOI: 10.1038/s41467-018-06862-2

 

 

樣品要求

    1.細胞樣本,細胞量≥1*10^7

    活細胞可直接寄送(限廣州地區);細胞樣本也可進行預處理后,液氮速凍后干冰運輸。

    2.組織樣本,送樣量≥100mg

    組織樣本采集后立即液氮速凍,干冰運輸。

    3.樣本物種:人、大小鼠,特殊物種詳詢技術。

    注:預處理方法詳詢技術。

生信分析內容

    ? 基礎分析:

    1 原始數據質控檢查

    2 比對結果質控檢查

    3 基于基因表達的樣品主成分分析

    4 差異基因表達及相關通路富集分析

    5 circRNA預測及鑒定

    6 circRNA差異分析

    7 差異circRNA宿主基因的通路富集分析

    8 差異circRNA的靶向miRNA預測分析

    9 長鏈非編碼RNA差異分析

    ? 高級分析:

    1 差異長鏈非編碼RNA的調控基因的通路富集分析

    2 circRNA及靶向miRNA網絡調控制圖

    3 GSEA分析(針對mRNA基因)

    4結合普通RNA-seq數據可分析翻譯效率

案例展示

    A peptide encoded by circular form of LINC-PINT suppresses oncogenic transcriptional elongation in glioblastoma 

    NATURE COMMUNICATIONS2018DOI: 10.1038/s41467-018-06862-2

測序策略:RNA-seq + RNC-seq

該研究對人的正常細胞和膠質瘤細胞分別進行轉錄組測序(RNA-seq)及翻譯組測序(RNC-seq),通過測序數據分析,總共識別了15189circRNA分子,其中7017個來自RNA-seq數據,12863個來自RNC-seq數據。對兩組樣本數據中顯著差異表達的circRNA分子取交集,初步篩選出了320circRNA分子(圖1)。由于大部分circRNACDS區域與其編碼蛋白的母基因相同,為了排除假陽性數據的干擾,研究團隊主要關注來源于非編碼基因的10個候選circRNA分子。進一步通過蛋白編碼能力預測發現了5個具有蛋白編碼能力的circRNA分子。最終研究團隊選擇來源于LINC-PINT基因的circRNA進行后續研究。該circRNA可以編碼一個87個氨基酸的多肽(圖2),這個多肽可直接與聚合酶相關因子復合物(PAF1c)相互作用,抑制多癌基因的轉錄延伸。該多肽及其相應的circRNA表達水平在膠質母細胞瘤中較正常組織降低。研究結果證實了circRNA編碼的肽段的存在及其在膠質母細胞瘤發生發展中的潛在功能。

1 兩種測序顯著差異表達的circRNA分子取交集


2 特異性抗體IP實驗及LC-MS/MS分析鑒定PINT87aa多肽序列


 

高通量測序?
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