RNA免疫共沉淀(RNA Immunoprecipitation,RIP )是研究細胞內RNA與蛋白結合情況的技術,是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具,能幫助我們發現miRNA的調節靶點。 RIP這種技術運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來,然后經過分離純化獲得結合在復合物上的RNA,再通過高通量測序實現對目的RNA的信息分析。RIP技術與高通量測序的結合,能幫助研究人員更好的了解癌癥以及其它疾病整體水平的RNA變化。
技術路線
圖釋:RIP-sequencing實驗流程(Zhao et al. Mol Cell,2010)
樣本要求
樣品類型:RIP實驗分離的RNA樣品
物種:人、大小鼠(特殊物種詳詢技術支持)
具體樣品量要求及樣本采集、保存和運輸方法請參照附錄一。
測序方案
測序模式PE150
測序數據量10Gb
生物信息分析內容
1 原始數據質控檢查
2 比對結果質控檢查
3 測序reads全轉錄組分布圖
4 富集基因的鑒定及定量
5 富集基因表達及相關通路分析
6 富集環狀RNA的預測及鑒定
7 富集環狀RNA宿主基因的通路分析
8 富集長鏈非編碼RNA表達分析
吉賽生物NGS樣本采集、保存、運輸要求(2020年version2.2)