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 技術前沿 
技術前沿
circRNA課題技術服務八大模塊
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-08-14 | 932 次瀏覽 | 分享到:

吉賽生物擁有高通量測序、生物信息學、分子生物學、細胞生物學等技術平臺,專注于circRNA相關技術與產品的研發。隨著circRNA研究越來越系統全面,吉賽生物根據不同的需求與角度,將circRNA研究分為八大模塊。

 

1. circRNA表達分析板塊

1.1  全轉錄組測序

組織或細胞中總RNA去除rRNA后進行高通量測序分析

1.2  circRNA測序

樣品經過RNase R消化去除線性RNA后,進行高通量測序分析

1.3外泌體測序

外泌體樣品全轉錄組測序服務

1.4  高通量數據分析

已完成的高通量測序或芯片數據,或在線高通量測序或芯片數據的表達分析,組織/疾病特異性表達信息挖掘。

1.5  circRNA的QPCR檢測

特定circRNA分子的QPCR檢測服務,包括QPCR引物設計,QPCR檢測。

1.6  circRNA的鑒定

特定circRNA分子的全長鑒定,RNase R耐受性測試等。

2.  circRNA功能分析板塊

2.1  circRNA過表達

特定circRNA分子的過表達載體構建,可進行序列插入、缺失、點突變等。包含表達載體、慢病毒等。

2.2  circRNA干擾

設計與驗證circRNA的siRNA,shRNA載體。

2.3  細胞功能研究

細胞增殖實驗(CCK-8、MTT生長曲線分析、克隆形成);遷移侵襲能力測試(劃痕實驗、Transwell實驗);細胞周期檢測;細胞凋亡檢測。

2.4  常規動物實驗

過表達或干擾特定circRNA的腫瘤細胞系,裸鼠成瘤能力測試、瘤轉移能力測試、耐藥動物實驗等。

2.5  定制型circRNA功能研究內容

細胞自噬功能模型、鐵死亡檢測、細胞焦亡檢測等。

 

3.  circRNA表觀轉錄組板塊

3.1  circRNA m6A修飾分析技術

meRIP-seq測序與分析

 

4.  circRNA翻譯-驗證研究板塊

4.1  circRNA中ORF預測分析與驗證

circRNA中潛在的ORF、IRES元件序列分析;構建載體驗證ORF的翻譯情況。

4.2  翻譯組學測序與分析

Ribosome Profiling分析(Ribo-seq),RNC-seq測。 

 

5.  circRNA相互作用組學研究板塊

5.1  circRNA-miRNA互作體系

miRNA 結合預測分析:從circRNA預測miRNA,從miRNA預測circRNA,circRNA-miRNA互作網絡分析。

circRNA-miRNA相互作用的驗證:anti-AGO2 RIP檢測,標簽法circRNA pull-down檢測,FISH共定位分析。

5.2  circRNA-蛋白互作體系

RBP結合預測分析,標簽法 circRNA pull-down蛋白質譜檢測或westernblot檢測,PPI互作網絡分析。

5.3  circRNA-lncRNA互作體系

標簽法 circRNA pull-down測序分析或QPCR分析,FISH共定位分析。

 

6.  功能circRNA篩選驗證板塊

6.1  高通量circRNA shRNA文庫

SCL-1文庫,篩選模型設計驗證;高通量文庫篩選功能分子;

其他通用型shRNA文庫。

6.2  定制化高通量circRNA shRNA文庫

文庫分子確認,定制shRNA文庫,篩選模型設計驗證,高通量文庫篩選功能分子。

 

7.  circRNA定位分析板塊

FISH定位分析,細胞組分分離后QPCR檢測。

8.  circRNA高級結構分析板塊

在線工具預測circRNA的二級結構

 


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