環狀RNA常用數據庫????????????
充分利用環狀RNA相關的在線數據庫，可以很好地幫助到平時的實驗研究工作。下面我們介紹環狀RNA相關的幾個重要數據庫。
circBase數據庫
1、選擇感興趣的circRNA
這里以“HIPK3”基因為例，打開circBase網站（http://circrna.org/），在搜索框中輸入興趣基因“HIPK3”名稱，點擊“search”按鈕。
2、搜索結果選擇
“HIPK3”基因對應的環狀RNA有多個，其中hsa_circ_0000284在多種細胞和組織中皆有表達，表達水平很高，可以列為重點研究的候選分子。
3、獲取環狀RNA序列
點擊菜單欄的“fasta”,跳轉到序列獲取界面，這里可以選擇獲取“genomic”和“spliced” 基因組和剪接后序列，也可以選擇增加上環狀RNA分子上游或下游序列，僅環化剪接位點附近序列，進行擴展。一般我們選擇“spliced”即可獲得環狀RNA分子的完整成熟序列了。
>hsa_circ_0000284|NM_005734|HIPK3
GTATGGCCTCACAAGTCTTGGTCTACCCACCATATGTTTATCAAACTCAGTCAAGTGCCTTTTGTAGTGTGAAGAAACTCAAAGTAGAGCCAAGCAGTTGTGTATTCCAGGAAAGAAACTATCCACGGACCTA..............；
CircNet數據庫
CircNet數據庫數據來源基于轉錄測序結果，并進一步聯合microRNA等信息進行了整合分析，功能強大。數據庫網址：http://circnet.mbc.nctu.edu.tw/
該數據庫整合了以下信息：circRNA分子序列；circRNA與miRNA及靶基因的調控網絡；circRNA分子的表達譜；circRNA分子的基因組注釋。
還是以“HIPK3”為例，檢索結果不僅顯示了與HIPK3環狀RNA相關的miRNA分子，也有環狀RNA表達譜數據和基因組定位等信息。
CircInteractome數據庫
CircInteractome數據庫整合的信息有以下幾類：
√ Searches circRNAs name
√ Searches the genomic position and best-matching transcripts of the circRNA
√ Retrieves genomic and mature circRNA sequences
√ Searches RBPs binding to a circRNA and to sequences upstream/downstream of the circRNA
√ Identifies RBPs binding to the circRNA junctions
√ Identifies miRNAs targeting a circRNA
√ Designs divergent primers for circRNAs
√ Designs siRNAs Specific to circRNA
1、circRNA分子檢索
點擊“circular RNA”輸入“hsa_circ_0000284”點擊“cricular RNA search”
2、獲取circRNA詳細信息：通過第一步輸入circRNA ID號后即可進入該環狀RNA分子的詳細界面，如下圖。
3、circRNA的PCR引物設計：該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計，操作如下：
輸入circRNA分子ID號，點擊divergent primers search，即可獲得查詢circRNA分子的junction sequence，下面還附帶了2個PCR引物設計工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行選擇。
點擊primer3后得到網站自動設計好的引物，具體結果見下圖。
3、circRNA的PCR引物設計：該網站還可以進行環狀RNA的特異性引物設計，操作如下：
輸入circRNA分子ID號，點擊divergent primers search，即可獲得查詢circRNA分子的junction sequence，下面還附帶了2個PCR引物設計工具primer3和NCBI primer design，研究者可自行選擇。
點擊primer3后得到網站自動設計好的引物，具體結果見下圖。
4、circRNA的siRNA干擾序列設計：該數據庫還提供了針對circRNA的siRNA序列設計，非常實用。下圖是針對“hsa_circ_0000284”軟件設計后給出的siRNA序列
deepbase數據庫
中山大學推出的deepbase數據庫主要強調ceRNA分子網絡互作，其中也整合了circRNA相關信息。網址：http://deepbase.sysu.edu.cn/
有效且靈活地整合在線circRNA相關數據庫知識，可以很好地為實驗提供思路和指導。